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隐真菌与真菌演化另一个早期的分支微孢子虫的关系尚未有定论，但许多研究显示这两群生物的关系相当接近，许多原本认为是微孢子虫特有的基因，例如从宿主细胞质中抢夺ATP的通道蛋白，意外地在隐真菌基因组中被发现，分析结果显示两者与另一种所知甚少的藻类寄生物Aphelids共同形成一支序（ARM群，或被称为Opisthosporidia）。随后有一群以变形虫为宿主的微生物Paramicrosporidium被发现也属于隐真菌，且它们的型态与微孢子虫非常相似，但rDNA序列与隐真菌较为接近，被认为可能是隐真菌与微孢子虫演化上的过渡，在此假说中，微孢子虫是ARM群中较为特化的类群，特化出专门用来感染动物细胞的结构，隐真菌与Aphelids则无此结构。2014年，另一种以变形虫、藻类为宿主的微生物Nucleophaga也因DNA序列分析被归为隐真菌，且型态介于罗兹菌与Paramicrosporidium之间。

2018年，Tedersoo等人提出的支序分析研究主张隐真菌与微孢子虫共同构成真菌分类的基群，其中微孢子虫属于隐真菌门中一个较深的支序，因此将微孢子虫的分类地位由独立的门降至隐真菌门的一个纲。另外原本认为与隐真菌关系密切的Aphelids则可能与壶菌亲缘较为接近，而另独立成一个门（Aphelida）。

隐真菌门早期的描述是寄生于宿主细胞表面、缺乏细胞壁、形态类似壶菌的生物，Rozella的型态与胞内寄生的生活史都非典型，但此一分类法有不少缺点，其字源「隐藏」之意指这类生物长期被研究者忽略，直到分子序列分析兴起后才揭开神秘的面纱，但这项特征适用于许多其他真核生物，并非隐真菌的专利，至于罗兹菌属是否具有代表性也有可讨论的空间，因为对隐真菌生活史的了解仍少，不清楚是否多数物种可以同时具有细胞表面寄生与胞内寄生两种生活型态，因此罗兹菌的型态与生活史未必非典型。

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