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低温电子显微镜显示羧酶体的形状为正二十面体或接近正二十面体，其外壳为数千个蛋白复合体组成，包裹内部的RuBisCO与碳酸酐酶。外壳蛋白大多为组成六聚体的BMC-H，也有少数为组成三聚体的BMC-T与组成五聚体的BMC-P（两者皆为形似六聚体的假六聚体）。

BMC-H六聚体中间的孔洞可供固碳作用的受质（碳酸根离子）与产物（3-磷酸甘油酸）经扩散作用进出，此区域带正电的氨基酸可协助扩散进行；BMC-P占据正二十面体的顶点；BMC-T三聚体中间的孔洞较大且可受调控开关，可使固碳作用较大的受质（RuBP）与产物（3-磷酸甘油酸）进出。

羧酶体可分为α与β两型，前者存在α型蓝菌、硝化菌、硫氧化菌与紫细菌中，后者则存在部分蓝菌中，两者外观相似，但组成的蛋白种类有异，其组成细节、组装机制可能也有差异，经分析外壳蛋白的序列显示两型的羧酶体应是独立演化产生的。

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